10 años pasan desde los eventos de Birth by Sleep, y la historia comienza con Sora en Destiny Island.
Junto a Rikku y Kairi, esperan viajar a otros mundos, pero la paz en la que viven es interrumpida cuando la isla es atacada por los Heartless.
Rikku cede ante la oscuridad, en un afán por encontrar poder y dejar la isla, mientras que Sora es enviado a Traverse Town, donde iniciará su verdadera Aventura.
Allí conoce a Donald y Goofy, además del cast variopinto de Final Fantasy VII y VIII. Se entera de que es el elegido para portar la Keyblade, una espada llave (DUH) que sirve para conectar otros mundos y traer luz a los mismos.
Rikku empieza a trabajar para Maleficent, quien a su vez está bajo las ordenes de Ansem, que busca a las 7 princesas para usarlas en un “ritual” que despertará nuevamente el Kingdom Hearts.
Kairi es revelada como una de las princesas de corazón puro. Sora se sacrifica por ella para liberarla de su letargo.
Sora se convierte en un Heartless, pero Kairi lo salva de la oscuridad y lo traer de vuelta… sin embargo, eso abre la puerta al Kingdom Hearts.
Sora y Rikku derrotan a Ansem, pero para cerrar la puerta se debe hacer por ambos lados. Sora se queda por fuera, mientras que Rikku la cierra desde adentro del Reino de las Sombras.
