Roxas despierta en Twilight Town, donde sueña con Sora, pero vive su día a día con Hayner, Pence y Olette.
Los días pasan y Roxas descubre que la realidad en la que vivió, fue una realidad ficticia creada para mantenerlo mientras Sora recuperaba sus recuerdos y despertaba del sueño al que fue inducido en el Castillo del Olvido.
Sora despierta y se reúne con Donald y Goofy, quienes emprenden un nuevo viaje en busca de Rikku y detener la Organización XIII.
Descubren esta vez que los enemigos son la Organización XIII, quienes están tras los Nobody y la búsqueda del Kingdom Hearts.
La aventura eventualmente los lleva a The World that Never Was, que funciona como cuartel para la Organización XIII. Allí Sora se reúne con Rikku, Kairi y DiZ, quien se revela como Ansem el Sabio.
Sora y Rikku enfrentan a Xemnas, quien logró crear un Kingdom Hearts artificial. Se revela que su intención no era recuperar los corazones de la organización, sino crear un mundo a su imagen y semejanza.
Sora y Rikku destruyen a Xemnas y por ende, su falso Kingdom Hearts. Por un breve momento quedan atrapados en el Reino de la Oscuridad, pero encuentran una puerta que los lleva a Destiny Island, donde los aguarda su próxima aventura.
Desafortunadamente, la derrota de Xemnas y de Ansem durante los eventos del primer juego, traen de vuelta al Xehanort original.
